En 1928 Rafael Vara llega a Burgos para ocupar la plaza de Director y Cirujano Jefe de los Establecimientos Provinciales de Beneficencia, cargo que desempeñó durante 25 años y compaginó con la actividad privada en la llamada clínica del Doctor Vara, que empezó a funcionar en 1941. Consiguió que el Hospital Provincial de Burgos fuera uno de los mejores, y puso en marcha un moderno pabellón quirúrgico en 1931 en el que instaló el primer electroencefalógrafo que hubo en España. En 1944 obtuvo la cátedra de Patología y Clínica Quirúrgicas en la Universidad de Valladolid. En 1953 se traslada a Madrid para ocupar la cátedra de Patología y Clínica Quirúrgica de la Universidad Central. Tanto en Madrid como en Burgos siguió ejerciendo la medicina. Fue miembro de diferentes academias y sociedades médicas y realizó numerosísimas publicaciones científicas. En 1962 fue nombrado hijo adoptivo de la provincia de Burgos y el 23 de mayo de 2002 el Ayuntamiento de Burgos le rindió un homenaje en agradecimiento por la donación de su archivo.

Los fondos documentales fueron donados por su hijo Rafael Vara Thorbeck e ingresaron en el Archivo el 12 de mayo de 2000. Están formados por historias clínicas y fichas de diagnósticos y tratamientos de pacientes entre 1927 y 1977, atendidos en el Hospital Provincial de Burgos, La Clínica del Dr. Vara y la Clínica de San Francisco de Asís de Madrid, documentación económica y de administración de las clínicas, correspondencia profesional y personal y documentación relacionada con su actividad docente: discursos, conferencias, curricula de alumnos, diapositivas, etc. y algunas fotografías.

El régimen de acceso y consulta de este fondo es el establecido por las leyes que afectan a los Archivos con carácter general, y en particular por la Ley 14/86 General de Sanidad que su art. 10 fija el derecho a la confidencialidad de toda la información relacionada con el proceso y la estancia de pacientes en instituciones sanitarias privadas y públicas, si bien se pueden consultar por interés científico siempre que quede garantizado el derecho del enfermo a la intimidad.